《南京醫(yī)科大學學報-自然科學版》是中國綜合醫(yī)藥衛(wèi)生類核心期刊，本刊創(chuàng)辦于1956年，其前身是《蘇醫(yī)學報》、《南京醫(yī)學院學報》，1996年隨校名更改為《南京醫(yī)科大學學報》。2001年進入國家期刊方陣，連續(xù)被《中文核心期刊要目總覽》第3、4、5、6、7、8、9版收錄，為中國科學引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）來源期刊、中國科技論文統(tǒng)計源期刊（中國科技核心期刊），同時被美國《化學文摘》（CA）、美國《烏利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory ）、波蘭《哥白尼索引》（IC）、《日本科學技術(shù)振興機構(gòu)中國文獻數(shù)據(jù)庫》（JSTChina）等著名檢索工具收錄。 

本刊接受全國各醫(yī)藥高等院校及醫(yī)院教學、醫(yī)療、科研人員在基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、預防醫(yī)學方面的論著、科研簡報、技術(shù)方法、經(jīng)驗交流、短篇報道、病例報告等。凡國家、省基金資助項目或獲獎成果論文，經(jīng)審稿通過后將優(yōu)先發(fā)表。本刊以促進校內(nèi)外的學術(shù)交流為宗旨，為提高我校的教學、科研水平和人才培養(yǎng)服務，為科教興國、科教興省的戰(zhàn)略決策服務。本刊也歡迎海外校友、學者來稿。

在國際上，《南京醫(yī)科大學學報-自然科學版》業(yè)已被美國《化學文摘》(CA)、美國《生物學文摘》(BA)、俄羅斯《期刊索引》(AJ)等著名檢索工具收錄。在國內(nèi)，中國科技論文與引文數(shù)據(jù)庫、中國科技期刊引證報告、中國科學技術(shù)期刊文摘(CSTA)數(shù)據(jù)庫(英文版)、中國學術(shù)期刊(光盤版)全文檢索系統(tǒng)、《中國生物學文摘》、《中國藥學文摘》、《中國醫(yī)學文摘》等16種檢索類刊物均將我刊作為主要引用源之一。